Здравствуйте Александр! В соответствии с п. г ч. 1 ст. 51 Федерального закона от 28.03.1998 N 53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе» военнослужащийподлежит увольнению с военной службы по состоянию здоровья — в связи с признанием военно-врачебной комиссией ограниченно годным к военной службе военнослужащего, проходящего военную службу по контракту на воинской должности, для которой штатом предусмотрено воинское звание до старшины или главного корабельного старшины включительно, или проходящего военную службу по призыву.
Поэтому командир в данной ситуации прав. Если Вы желаете служить, полагаю необходимым обжаловать решение военно-врачебной комиссии и добиваться результата освидетельствования — годен к военной службе с незначительными ограничениями. Для этого необходимо обращаться в суд. В листе беседы пишите, что желаете продолжить военную службу и намерены обжаловать решение ВВК.