Можете зарегистрироваться в качестве ИП, одно другому не мешает и не противоречит.
На основной работе с Вашей зарплаты удерживают 13% подоходного налога, следовательно вычет можете получить.
В соответствии с положениями п. 3 ст. 210 и пп. 2 п. 1 ст. 220 НК РФ
имущественный налоговый вычет по расходам на строительство или
приобретение жилья предоставляется только налогоплательщикам (физическим
лицам), имеющим доходы, с которых исчисляется и уплачивается налог на
доходы физических лиц по ставке 13 процентов.
Таким образом, при получении индивидуальным предпринимателем доходов,
в отношении которых применяется ставка налога в размере 13 процентов,
он вправе воспользоваться имущественным налоговым вычетом в
общеустановленном порядке. То есть индивидуальный предприниматель,
применяющий специальные налоговые режимы (ЕНВД, УСН, ЕСХН) не вправе
воспользоваться имущественным вычетом, если кроме спецрежимной
деятельности он не осуществляет иную (облагаемую по ставке 13 %),
поскольку эта категория налогоплательщиков освобождена от уплаты НДФЛ по
определенным видам деятельности (письмо Минфина России от 22 декабря
2011 г.