Наталья, приветствую!
Ликвидировать можно юридическое лицо. Индивидуальный предприниматель (ИП) юридическим лицом не является и ликвидирован быть не может, соответственно и никакой «стадии ликвидации» у него быть не может.
Обратите внимание на формулировку ст. 31 закона 44-фз по этому вопросу:
3) непроведение ликвидации участника закупки — юридического лица и отсутствие решения арбитражного суда о признании участника закупки — юридического лица или индивидуального предпринимателя несостоятельным (банкротом) и об открытии конкурсного производства;
То есть это относится только к юр.лицам.
Наиболее вероятное — что ИП подал заявление в налоговую о прекращении статуса ИП, но само по себе такое заявление не является основанием для отклонения заявки. Вот когда статус прекратится, можно будет о чем-то говорить.