Добрый день!
Уточните, пожалуйста, работы выполнены или Вам только оплатили часть неустойки (пени или штраф)?
Продление сроков недопустимо, поскольку законом не предусмотрено изменение существенных условий контракта (ст. 95 44 ФЗ РФ). В данном случае капитальный ремонт будет являться договором подряда (исходя из норм ГК РФ, ст. 708), где одно из существенных условий является срок выполнения работ.
В Вашем случае я вижу следующие варианты развития событий:
1) Вы расторгаете контракт и обязательно заносите подрядчика в РНП с последующим заключением контракта с участником закупки, который занял второе место в конкурсной процедуре. Последовательность внесения подрядчика в РНП указана в законе № 44 ФЗ и при желании Вы можете задать отдельный вопрос. При расторжении госконтракта выставляете требование на оплату штрафа и пени.
2) Если все-таки работы движутся и подходят к логическому концу, не нужно переживать, что срок действия контракта означает конец самого контракта и в результате получится, что «никто никому ничего не должен». Важное в контракте-обязательство, которое до сих пор не выполнено. Оно не зависит от срока действия контракта. Можете подождать окончания выполнения работ с выставлением требования об уплате неустойки в момент выполнения работ. (учтите, это не право, а обязанность заказчика)