Могут ли затраты, понесенные причинителем вреда окружающей среде быть зачтены в сумму убытков?

Нет, конечно.

В соответствии с частью 2 ст.15 ГК РФ-

2. Под убытками понимаются расходы, которые лицо, чье право нарушено, произвело или должно будет произвести для восстановления нарушенного права, утрата или повреждение его имущества (реальный ущерб), а также неполученные доходы, которые это лицо получило бы при обычных условиях гражданского оборота, если бы его право не было нарушено (упущенная выгода).

В данном случае права причинителя вреда никем не нарушены.

Вот если бы последствия вреда устраняло, например, государство, тогда именно с причинителя вред можно было взыскать размер причинённых убытков

Добрый день, к сожалению — нет. 

Согласно ч.2 ст.15 ГК РФ-

2. Под убытками понимаются расходы, которые лицо, чье право нарушено, произвело или должно будет произвести для восстановления нарушенного права, утрата или повреждение его имущества (реальный ущерб), а также неполученные доходы, которые это лицо получило бы при обычных условиях гражданского оборота, если бы его право не было нарушено (упущенная выгода).В данном случае права причинителя вреда никем не нарушены.

Причинитель вреда в данном случае, полагаю, не государство, а значит, взыскать ничего не получиться.