Если Работодатель оговаривал сроки, в которые необходимо было представить резюме, а Вы действительно направили его позже, то отказ в его рассмотрении правомерен.
С другой стороны, факт принятия компанией резюме на рассмотрение не гарантирует заключение с Вами трудового договора. А также нет обязанности у компании принимать на работу лиц по факту представления резюме. Работодатель вправе выбрать наиболее подходящего, по его мнению, сотрудника. То есть, Ваше резюме могли принять, но трудовой договор заключить с другим соискателем. В данном случае выбор стоит за компанией.
Если на момент поступления Вашего резюме вакансия уже была закрыта (то есть, принят работник), то никакой дискриминации в отношении Вас не было. По сути, Вам отказали в связи с отсутствием свободных вакансий.