Достаточно поменять условие договора о порядке оплаты. Если у вас раньше было написано, что оплата производится после какого-то момента, то сейчас вам надо указать, что какая-то часть оплачивается в порядке аванса.
Технически — просто составляете отдельный документ на основании договора (в смысле берете текст договора в электронном виде), меняете название на «Дополнительное соглашение к договору… от… № 1», оставляете наименование сторон и пишите:
"… в дальнейшем именуемые стороны, заключили настоящее дополнительное соглашение к Договору… от… о следующем:
1. Изложить пункт № __ (здесь указываете пункт договора, который хотите поменять) в следующей редакции:… (здесь указываете новую редакцию — например, новое условие может быть сформулировано как "Оплата производится в следующем порядке: 50 % от суммы договора Заказчик оплачивает не позднее 20.11.2018г., окончательная оплата производится Заказчиком не позднее _ дней с момента подписания акта ...".).
2.3.4. Далее вставляете пару стандартных пунктов о том, то Доп. соглашение вступает в силу с момента подписания, остальные условия остаются неизменными, доп. соглашение составлено в двух экземплярах для каждой из сторон."