Надежда, добрый день!
Правомерность действий организации под вопросом, так как по общему правилу Ваше обязательство считается исполненным с момента зачисления денежных средств на счет организации (если обслуживаетесь в одном банке) или с момента зачисление на счет банка организации (если обслуживаетесь в разных банках). Способ исполнения денежного обязательства (перевод с текущего счета, взнос наличными в кассу, перевод с банковской карты или перевод электронных денежных средств) — это Ваше право, помешать реализации которого может только возможность организации принять платеж тем или иным способом. К примеру, у организации может отсутствовать касса.
При этом часто повышенный тариф применяется за перевод с банковского счета на банковский счет, так как платежное поручение технически требует больше времени на обработку, чем транзакция на карту. Но это комиссия, а не штраф и взимается она банком.
При этом для точного ответа необходимо изучить договор (оферту), на основании которой Вы осуществили платеж.Обратите внимание на каком основании организация удерживает штраф, какая формулировка.Еще подчеркну, что в общем порядке такой штраф удерживаться не может, т.к. с Вашей стороны нет правонарушения.