Николай, добрый день! Согласно ст. 34 Федерального закона от 05.04.2013 N 44-ФЗ
2. При заключении контракта указывается,что цена контракта является твердой и определяется на весь срок исполнения контракта,
соответственно на это и указывайте а также ссылайтесь на ч.3 ст. 346.11 НК РФ которая предполагает что использование ИП УСН делает его лицом, не являющимся плательщиком НДС, соответственно и каких либо обязательств связанных с выделением в документах, направляемых заказчику для оплаты не порождает. Такие обязательства возникают только при выставлении счета фактуры уже независимо от применяемой системы налогообложения. С вероятностью 99,9% разногласия Ваши с заказчиком придется решать в судебном порядке
Заказчик не уменьшает сумму контракта. Но требует акты по их смете С НДС. Далее в налоговой меня заставят платить.Какой выход может быть — доп соглашение, Претензия или др.?
Дополнительное соглашение здесь не поможет. Претензию написать можете, потребовав произвести оплату выполненных работ. Если подпишите акты с НДС, то НДС придется заплатить в бюджет.