Александр, исходя из описанной Вами ситуации, в том числе и наличия разрешения органов опеки и попечительства о согласии на сделку при определенном условии — с точки зрения действующего законодательства никаких рисков я не вижу.
Единственное сомнение, которое имеется по поводу квартиры выражается в распределении долей между родителями и детьми.
Дело все в том, что на данный момент законодатель не закрепил порядок исчисления доли причитающейся ребенку при внесении материнского капитала в оплату квартиры. То есть, если исходить из разумности, то доля детей должна быть не меньше доли материнского капитала в общей стоимости квартиры. Однако, на данный момент законодателем не уточнен этот порядок и дословно указано, что доли выделяются по соглашению сторон. То есть можно и 98 % доли в квартире выделить детям, а можно и 0.002 % доли. И пока что это законно на основании п. 4 ст. 10 Федерального закона «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей» от 29.12.2006 N 256-ФЗ
4. Жилое помещение, приобретенное (построенное, реконструированное) с использованием средств (части средств) материнского (семейного) капитала, оформляется в общую собственность родителей, детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению.
Однако, как это уже было в 90-е года с приватизацией квартир (когда детей можно было не включать в приватизацию) в последствии данное положение было признано нарушающим права ребенка и повально пошли иски о признании приватизации недействительной. Вот чисто теоретически — в будущем возможен такой же сценарий и в отношении наделения долями детей при использовании материнского капитала.
Еще раз повторюсь — теоретически возможен, но не более того. Исходя же из действующего законодательства — Ваша ситуация не имеет очевидных рисков и вполне законна.
Что касается требований нотариуса, то он не имеет право требовать внесения каких -либо сумм. В части зачисления средств на счет детей, все верно, но также Вы обязаны выделить детям доли во вновь приобретенном жилье, ином жилье, доли должны быть не меньше, чем были в продаваемом жилье ( т.е. если было 10 кв.м, то и выделить обязаны столько же)