Может ли суд обязать выплачивать алименты как долг, если они выплачиваются по договору?

Здравствуйте. Если там указано, что 

всегда пишет, что это алименты и за какой месяц.

Любовь

то в целом нормально, претензии быть не должно. В идеале бы указывать ещё ФИО кому алименты. Также можно было бы брать расписки с жены, но это уже на усмотрение плательщика. 

будет ли выписка с банка считаться подтверждающим документом, что алименты оплачивались во время, или же суд заставит оплачивать ещё раз, как долги?

Любовь

в целом я думаю да будет считаться. Нормальное доказательство.

Любовь, здравствуйте! 

Если бывшая жена вашего сына захочет взыскать алименты в судебном порядке, то для того чтобы взыскать алименты за прошедший период (до 3-х лет), ей необходимо будет в соответствии со статьей 107 Семейного кодекса доказать, что она принимала меры к получению алиментов, но ваш сын уклонялся от их уплаты.

Однако в данном случае, выписки из банка будет достаточно для того, чтобы доказать, что алименты за тот период ваш сын платил и не уклонялся.

Постановление Пленума Верховного Суда РФ от 26.12.2017 N 56
«О применении судами законодательства при рассмотрении дел, связанных со взысканием алиментов»:

11. По общему правилу, установленному пунктом 2 статьи 107 СК РФ, алименты присуждаются с момента обращения в суд.
Суд вправе удовлетворить требование о взыскании алиментов за прошедший период в пределах трехлетнего срока с момента обращения в суд, если в ходе судебного разбирательства будет установлено, что до обращения в суд принимались меры к получению алиментов, однако они не были получены вследствие уклонения лица, обязанного уплачивать алименты, от их уплаты (абзац второй пункта 2 статьи 107 СК РФ).
О мерах, принятых в целях получения алиментов, могут свидетельствовать, в частности, обращение истца к ответчику (например, посредством направления телеграмм, заказных писем с уведомлением либо посредством электронной почты) с требованием об уплате алиментов либо с предложением заключить соглашение об уплате алиментов, обращение к мировому судье с заявлением о выдаче судебного приказа о взыскании алиментов на несовершеннолетнего ребенка (если впоследствии судебный приказ был отменен).

В Вашем случае для наиболее успешного решения проблемы уплаты алиментов рекомендуется заключение письменного соглашения об их уплате. Заключение данного соглашения регламентируется положениями Семейного кодекса РФ.

 Статья 99. Заключение соглашения об уплате алиментов. Соглашение об уплате алиментов (размере, условиях и порядке выплаты алиментов) заключается между лицом, обязанным уплачивать алименты, и их получателем, а при недееспособности лица, обязанного уплачивать алименты, и (или) получателя алиментов — между законными представителями этих лиц. Не полностью дееспособные лица заключают соглашение об уплате алиментов с согласия их законных представителей.

Статья 104. Способы и порядок уплаты алиментов по соглашению об уплате алиментов.1. Способы и порядок уплаты алиментов по соглашению об уплате алиментов определяются этим соглашением.2. Алименты могут уплачиваться в долях к заработку и (или) иному доходу лица, обязанного уплачивать алименты; в твердой денежной сумме, уплачиваемой периодически; в твердой денежной сумме, уплачиваемой единовременно; путем предоставления имущества, а также иными способами, относительно которых достигнуто соглашение.В соглашении об уплате алиментов может быть предусмотрено сочетание различных способов уплаты алиментов.

Устное соглашение об уплате алиментов не имеет юридической силы.

при этом в случае, если бывшая супруга обратитится в суд с иском о взыскании алиментов, то банковская выписка о ежемесячном перечислении денежных средств будет являться доказательством их уплаты. при возможности лучше брать расписки с бывшей супруги после каждого перечисления, в котором будет указан оплачиваемый период.