Александр, здравствуйте!
В силу п . 14 ст . 29 Положения о порядке прохождения военной службы, в случаях, когда основной отпуск не был предоставлен военнослужащему, проходящему военную службу по контракту, в текущем календарном году в связи с исключительными обстоятельствами, допускается перенос основного отпуска на следующий календарный год. При переносе основного отпуска на следующий календарный год он должен быть использован до его окончания.
В Вашем случае Вы в праве требовать предоставления отпуска за 2017 год на основании 14 пункта.
Теперь к отпуску за 2016 год -
Статья 29. Порядок предоставления основного отпуска
1. Военнослужащим, проходящим военную службу по контракту, основной отпуск предоставляется ежегодно на основании приказа командира воинской части.
Ни в одном пункте ст. 29 Положения не сказано о том, что он должен предоставляться по Вашему заявлению/рапорту
Есть только оговорки, что по Вашей просьбе отпуска могут быть объединены или разделены.
То есть, непредоставление Вам отпуска за 2016 и 2017 год является нарушением ваших прав со стороны командования воинской части и Вы в праве требовать восстановления Ваших прав в судебном порядке.
Действительно законодатель так утвердил Положение, что по его смыслу моно трактовать так, что отпуск за прошлый год должен быть отгулян не позднее окончания следующего года. Но, говорить о том, что отпуска сгорают — нельзя, что косвенно подтверждено п. 16 статьи 29:
16. Предоставление отпусков военнослужащему осуществляется с таким расчетом, чтобы последний из них был использован полностью до дня истечения срока его военной службы. При невозможности предоставления основного и дополнительных отпусков до дня истечения срока военной службы они могут быть предоставлены военнослужащему при его увольнении последовательно, без разрыва между отпусками. В этом случае исключение военнослужащего из списков личного состава воинской части производится по окончании последнего из отпусков и после сдачи военнослужащим дел и должности.
То есть по смыслу ст. 29 получается так, что отпуск за 2016 год при невозможности его предоставления мог быть предоставлен либо до окончания 2017 года, либо непосредственно перед увольнением со службы
И еще уточните один момент, Вы где проходите военную службу: ВС РФ, ФСБ, ФСО, Росгвардия?