Здравствуйте.
На самом деле если посмотреть судебную практику, то можно сделать вывод о том, что если затребованные документы не относятся к предмету проверки, то основания для применения ответственности, установленной пунктом 1 статьи 126 НК РФ, отсутствуют. Об этом указал ВАС РФ еще в своем постановлении от 08.04.08 № 15333/07.
Налоговики (см. например, письмо ФНС России от 13.09.12 № АС-4-2/15309@) сами указывают на то, что проверяющие не вправе истребовать у налогоплательщика бухгалтерские документы, не являющиеся первичными, в том числе отчеты или аналитические справки.
ФАС Западно-Сибирского округа от 26.03.13 № А03-7357/2012 в своем Постановлении отметил, что предоставление оборотно-сальдовых ведомостей не являются обязательным, поскольку в них нет информации, связанной с исчислением и уплатой налогов. Также в рядесудебных актов отмечено, что регистры бухучета в первую очередь предназначены для систематизации и накопления информации, содержащейся в принятых к учету первичных документах, для отражения на счетах бухучета и в бухгалтерской отчетности. Это означает, что общество не может нести ответственность за их непредставление (например, определение ВАС РФ от 23.03.12 № ВАС-2652/12).
Таким образом, Вам либо следует исходить из соотнесения предмета проверки с затребованными документами и в своих пояснениях указать на то, что ряд их не относится к предмету проверки и возможно отстаивать свою правоту в суде, либо согласиться с требованием в полном объеме и передать всю затребованную документацию проверяющим.