Обжалование решения о ликвидации ООО в ИФНС № 46

Во-первых, хотелось бы сказать, что несмотря на сходство последствий, в подобных случаях общество не ликвидируется, а исключается из ЕГРЮЛ.

Федеральный закон от 08.08.2001 N 129-ФЗ (ред. от 30.10.2017) «О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей»

Статья 21.1. Исключение юридического лица из единого государственного реестра юридических лиц по решению регистрирующего органа

5. Предусмотренный настоящей статьей порядок исключения юридического лица из единого государственного реестра юридических лиц применяется также в случаях:

…
б) наличия в едином государственном реестре юридических лиц сведений, в отношении которых внесена запись об их недостоверности, в течение более чем шести месяцев с момента внесения такой записи.

Само ООО, как и его кредиторы или иное лицо, чьи права и законные интересы затрагиваются исключением из ЕГРЮЛ, могут направить в регистрирующий орган заявление с возражением о предстоящем исключении лица из ЕГРЮЛ. В таком случае решение об исключении из ЕГРЮЛ не принимается (п. п. 3, 4 ст. 21.1 Закона). 

Возражение нужно подать в течение трех месяцев с момента опубликования в журнале «Вестник государственной регистрации» решения регистрирующего органа о предстоящем исключении юридического лица из ЕГРЮЛ. Я так понял, что трехмесячный срок Вы пропустили и решение об исключении уже принято.
Если ООО исключено из ЕГРЮЛ, то можно обжаловать решение регистрирующего органа об исключении из реестра в течение года со дня, когда Вы узнали или должны были узнать о нарушении своих прав. Обжалование осуществляется в том же порядке, что и при отказе в госрегистрации (п. 8 ст. 22 Закона), т.е. в вышестоящий регистрирующий орган, соблюдая досудебный порядок обжалования (п. 1 ст. 25.2 Закона). Оспаривание решения об исключении из ЕГРЮЛ сразу в суд без обращения в вышестоящий регистрирующий орган влечет оставление заявления без рассмотрения (п. 2 ст. 148 АПК РФ, п. 1 ст. 25.2 Закона).

Если вышестоящий регистрирующий орган откажет в удовлетворении жалобы, то можно подать жалобу в ФНС России или суд (п. 1 ст. 25.2 Закона, п. 1 Положения о Федеральной налоговой службе, утвержденного Постановлением Правительства РФ от 30.09.2004 N 506).
Следует отметить, что вышестоящий регистрирующий орган может и не ответить на жалобу, несмотря на то что по Закону о госрегистрации он обязан рассмотреть жалобу и принять по ней решение, если нет оснований для оставления без рассмотрения. 

Дмитрий, добрый день! Согласно ч. 3 ст. 21.1

Федерального закона от 08.08.2001 N 129-ФЗ
«О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей»

Одновременно с решением о предстоящем исключении должны быть опубликованы сведения о порядке и сроках направления заявлений недействующим юридическим лицом … чьи права и законные интересы затрагиваются в связи с исключением недействующего юридического лица

т.е. законом прямо предусмотрена возможность направления возражений по форме Р 38001. При этом, указание в ч. 5 данной статьи на применение описанного порядка для случаев исключения в связи с наличием недостоверных сведений не содержат каких либо ограничений в части направления возражений по такому решению в порядке, указанном в ч. 3 данной статьи (см. напр. Письмо Минфина России от 15.05.2018 N 03-12-13/32348)

Вопрос №2: Можно ли прилагать к форме 38001 какие-либо копии документов (бухгалтерскую отчетность, договор аренды на новый юридический адрес).

Дмитрий

ч. 4 ст. 21.1 указывает на то, что заявления должны быть мотивированы, при необходимости подтверждения доводов, содержащихся в заявлении могут быть представлены дополнительные документы