Роман, приветствую!
Это зависит от особенностей вашего документооборота и от порядка рассмотрения дела (в общем порядке либо в порядке упрощенного судопроизводства).
Разумеется, для обоснования факта поставки нужны только те документы (накладные), которыми подтверждается поставка неоплаченных товаров.
Но если покупатель заявит, что оплачивал спорные партии и представит платежки по более ранним партиям, придется разбираться подробно, когда и за что он платил, а это не всегда возможно без анализа всех документов, по всем периодам. Важное значение будет иметь, к примеру, назначение платежей, есть ли там везде указание на конкретные партии товара, которые оплачиваются. Есть ли у вас подписанные покупателем акты сверки хотя бы за какие-то периоды (если есть, это снимет вопросы по более ранним оплаченным партиям).