Как происходит оплата времени нахождения на целевом обучении?

Добрый день, Денис! Если Ваши сотрудники работают по трудовому договору, как я понял из Вашего объяснения, то они могут заключить ученический договор, который будет дополнительным по отношению к основному трудовому. 

ст. 198 ТК РФ: «Работодатель — юридическое лицо (организация) имеет право заключать с лицом, ищущим работу, или с работником данной организации ученический договор на получение образования без отрыва или с отрывом от работы».

ст. 203 ТК РФ: "Время ученичества в течение недели не должно превышать нормы рабочего времени, установленной для работников соответствующих возраста, профессии, специальности при выполнении соответствующих работ.

Работники, проходящие обучение в организации, по соглашению с работодателем могут полностью освобождаться от работы по трудовому договору либо выполнять эту работу на условиях неполного рабочего времени.
В период действия ученического договора работники не могут привлекаться к сверхурочным работам, направляться в служебные командировки, не связанные с ученичеством".

ст. 204 ТК РФ: "Ученикам в период ученичества выплачивается стипендия, размер которой определяется ученическим договором и зависит от получаемой квалификации, но не может быть ниже установленного федеральным законом минимального размера оплаты труда".