Здравствуйте.
Если проданные автобус и автомобиль находились в Вашей собственности менее 3 лет, то доходы от их продажи подлежали декларированию в следующем году за годом продажи. При этом их состояние (рабочее/нерабочее, ремонтированные или нет) тут не имеет значение.
Согласно п.3 ст.210 НК РФ
3. Для доходов, в отношении которых предусмотрена налоговая ставка, установленная пунктом 1 статьи 224 настоящего Кодекса, налоговая база определяется как денежное выражение таких доходов, подлежащих налогообложению, уменьшенных на сумму налоговых вычетов, предусмотренных статьями 218 - 221 настоящего Кодекса, с учетом особенностей, установленных настоящей главой.
…
Если сумма налоговых вычетов в налоговом периоде окажется больше суммы доходов, в отношении которых предусмотрена налоговая ставка, установленная пунктом 1 статьи 224 настоящего Кодекса, подлежащих налогообложению, за этот же налоговый период, то применительно к этому налоговому периоду налоговая база принимается равной нулю. На следующий налоговый период разница между суммой налоговых вычетов в этом налоговом периоде и суммой доходов, в отношении которых предусмотрена налоговая ставка, установленная пунктом 1 статьи 224 настоящего Кодекса, подлежащих налогообложению, не переносится, если иное не предусмотрено настоящей главой.
.....
При этом если Вы можете документально подтвердить расходы на приобретение автобуса и автомобиля, то вправе уменьшить налоговую базу по доходам от их продажи в соответствии с пп.2 п.2 ст.220 НК РФ при условии, что автобус и автомобиль не использовались в предпринимательской деятельности.
2) вместо получения имущественного налогового вычета в соответствии с подпунктом 1 настоящего пункта налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением этого имущества.
Таким образом, налоговый орган прав.
Декларации за те годы, когда был продан транспорт подлежат корректировке.
Для получения более подробной консультации Вы можете обратиться ко мне в чат (кнопка «общаться в чате» рядом с моим фото).
Всего вам наилучшего!