Здравствуйте!
Несомненно, выполненная Вами дополнительная работа должна быть оплачена дополнительно к Вашей основной з/плате. Таким является требование Трудового кодекса РФ (статьи 151 и 60.2). Кроме того, поручение дополнительной работы возможно только с согласия работника.
Предполагая, что Ваши отношения с работодателем по выполнению дополнительной работы должным образом не оформлялись — нет ни Вашего письменного согласия ни приказа о выполнении Вами обязанностей временно отсутствующего работника, — можно предложить либо договориться с работодателем, ссылаясь на указанные выше статьи ТК РФ, либо (если не договоритесь) обратиться с заявлением о нарушении трудового законодательства в трудовую инспекцию. В последнем случае Вам придется располагать доказательствами, подтверждающими факт нарушения (скорее всего — письменными показаниями других сотрудников, подтверждающих выполнение Вами обязанностей отсутствующего работника; может быть — записью камеры видеонаблюдения, подтверждающей Вашу дополнительную работу).
Всего хорошего.