Можно ли отдельно подать в суд?

Добрый день, Антон не совсем понятно, что Вы имели в виду. Возбуждено два уголовных дела? Одно возбуждено СК РФ, а второе — МВД? Если да, то данные уголовные дела могут быть направлены в суд отдельно друг от друга. Например, в случае, когда органам СК РФ не известно о возбужденном деле в МВД.

В тоже время:

«Уголовно-процессуальный кодекс Российской Федерации» от 18.12.2001 N 174-ФЗ (ред. от 19.07.2018)

Статья 153. Соединение уголовных дел

1. В одном производстве могут быть соединены уголовные дела в отношении:
1) нескольких лиц, совершивших одно или несколько преступлений в соучастии;
2) одного лица, совершившего несколько преступлений;
3) лица, обвиняемого в заранее не обещанном укрывательстве преступлений, расследуемых по этим уголовным делам.
2. Соединение уголовных дел допускается также в случаях, когда лицо, подлежащее привлечению в качестве обвиняемого, не установлено, но имеются достаточные основания полагать, что несколько преступлений совершены одним лицом или группой лиц.
3. Соединение уголовных дел, находящихся в производстве следователя, производится на основании постановления руководителя следственного органа. Соединение уголовных дел, находящихся в производстве дознавателя, производится на основании постановления прокурора. Решение о соединении уголовных дел о преступлениях, подследственных в соответствии со статьями 150 и 151 настоящего Кодекса разным органам предварительного расследования, принимает руководитель следственного органа на основании решения прокурора об определении подследственности. В случае, если предварительное расследование осуществляется в форме дознания, указанное решение принимает прокурор.
4. При соединении уголовных дел срок производства по ним определяется по уголовному делу, имеющему наиболее длительный срок предварительного расследования. При этом срок производства по остальным уголовным делам поглощается наиболее длительным сроком и дополнительно не учитывается.

Также стоит обратить внимание на то, что согласно п. 4 ч. 1 ст. 237 УПК РФ после направления уголовного дела в суд судья по ходатайству стороны или по собственной инициативе возвращает уголовное дело прокурору для устранения препятствий его рассмотрения судом в случаях, если имеются предусмотренные ст. 153 УПК РФ основания для соединения уголовных дел, за исключением случая, предусмотренного ст. 239.2 УПК РФ.

Согласно ст. 239.2 УПК РФ суд при наличии оснований, предусмотренных УПК РФ и возникших после поступления уголовного дела в суд, вправе по ходатайству стороны принять решение о соединении уголовных дел в одно производство.

Здравствуйте, Антон!
Согласно ст. 153 УПК РФ

1. В одном производстве могут быть соединены уголовные дела в отношении:1) нескольких лиц, совершивших одно или несколько преступлений в соучастии;
2) одного лица, совершившего несколько преступлений;
3) лица, обвиняемого в заранее не обещанном укрывательстве преступлений, расследуемых по этим уголовным делам.

Акцент здесь на слове «могут», но обязаны. Зачастую в отношении одного лица могут быть возбуждены несколько уголовных дел, которые не соединяются в одно производство, а расследуются отдельно и в суд передаются, соответственно, тоже отдельно. Решение принимается руководителем следственного органа на основании решения прокурора об определении подследственности. (ч. 3 ст. 153 УПК РФ).