Здравствуйте, Александр!
В дополнение к ответам коллег.
В случае нарушения процедуры воинского учета, Вы можете быть привлечены к административной ответственности.
Статья 21.5. Неисполнение гражданами обязанностей по воинскому учету
Неявка гражданина, состоящего или обязанного состоять на воинском учете, по вызову (повестке) военного комиссариата или иного органа, осуществляющего воинский учет, в установленные время и место без уважительной причины, неявка в установленный срок в военный комиссариат для постановки на воинский учет, снятия с воинского учета и внесения изменений в документы воинского учета при переезде на новое место жительства, расположенное за пределами территории муниципального образования, место пребывания на срок более трех месяцев либо выезде из Российской Федерации на срок более шести месяцев или въезде в Российскую Федерацию, а равно несообщение в установленный срок в военный комиссариат или в иной орган, осуществляющий воинский учет, об изменении семейного положения, образования, места работы или должности, о переезде на новое место жительства, расположенное в пределах территории муниципального образования, или место пребывания —
влечет предупреждение или наложение административного штрафа в размере от ста до пятисот рублей.
Так что совет Брянского комиссариата не совсем понятен.
Поскольку Вы фактически будете продолжать учебу в другом месте, не совпадающим с метом Вашего жительства (местом постоянной регистрации), Вам будет необходимо оформить регистрацию по месту пребывания, в соответствии со ст. 5 Закона РФ от 25.06.1993 N 5242-1 «О праве граждан Российской Федерации на свободу передвижения, выбор места пребывания и жительства в пределах Российской Федерации»:
При этом согласно ст. 21.5 Кодекса РФ об административных правонарушенияХ:
Поэтому на учет необходимо встать именно в военкомате по месту Вашего пребывания после оформления регистрации по месту пребывания, если следовать букве закона.
Однако, все это, достаточно трудно контролируется (особенно регистрация по месту пребывания в течение 90 дней, если речь не идет об общежитии), поэтому целесообразность постановки на учет на усмотрение, на мой взгляд.
С уважением, Константин.