Наталья, здравствуйте!
1. Лицензия выдаётся лицензиату, т.е. конкретному юридическому лицу или индивидуальному предпринимателю. Поскольку, как я понял из Вашего вопроса, Вы намерены продать не само ООО, т.е. лицензиата, а аптеку как имущественный комплекс, то покупатель, приобретя аптеку, должен будет сам получить лицензию уже на себя. Разделить лицензию в данном случае не представляется возможным.
2. Если речь идёт всё же о продаже ООО, то вместе с ООО покупатель приобретёт и его имущество, и его права, т.е. лицензию.