Здравствуйте, Владимир.
В соответствии с Приказом Минобрнауки России от 29.06.2015 N 636 «Об утверждении Порядка проведения государственной итоговой аттестации по образовательным программам высшего образования — программам бакалавриата, программам специалитета и программам магистратуры» определено, что:
3. К государственной итоговой аттестации допускается обучающийся, не имеющий академической задолженности и в полном объеме выполнивший учебный план или индивидуальный учебный план по соответствующей образовательной программе высшего образования
Получение неудовлетворительной оценки по одной из дисциплин фактически является академической задолженностью, в связи с чем Вы действительно не можете быть допущены к защите ВКР.
Сроки подачи апелляции на решение комиссии, где была выставлена неуд оценка, Вы пропустили. На подачу апелляции дается 1 день в соответствии с:
49. По результатам государственных аттестационных испытаний обучающийся имеет право на апелляцию.
51. Апелляция подается лично обучающимся в апелляционную комиссию не позднее следующего рабочего дня после объявления результатов государственного аттестационного испытания.
Так как имеет место непрохождение аттестационного испытания, то Вы действительно подлежите отчислению в соответствии с:
41. Обучающиеся, не прошедшие государственное аттестационное испытание в связи с неявкой на государственное аттестационное испытание по неуважительной причине или в связи с получением оценки «неудовлетворительно», отчисляются из организации с выдачей справки об обучении как не выполнившие обязанностей по добросовестному освоению образовательной программы и выполнению учебного плана.
За Вами остается право повторно пройти ГИА. Однако данное право можно использовать не ранее чем через 10 месяцев:
42. Лицо, не прошедшее государственную итоговую аттестацию, может повторно пройти государственную итоговую аттестацию не ранее чем через 10 месяцев и не позднее чем через пять лет после срока проведения государственной итоговой аттестации, которая не пройдена обучающимся. Указанное лицо может повторно пройти государственную итоговую аттестацию не более двух раз.
Для повторного прохождения государственной итоговой аттестации указанное лицо по его заявлению восстанавливается в организации на период времени, установленный организацией, но не менее периода времени, предусмотренного календарным учебным графиком для государственной итоговой аттестации по соответствующей образовательной программе.
А что по поводу военной кафедры? Практика такая, что при уходе в академический отпуск продолжение обучения на военной кафедре невозможно. В договоре написано «гражданин проходит непрерывной обучение по этой программе» (программе военной подготовки).
Не пойти в армию совсем — установлено в ст. 23 федерального закона «О воинской обязанности и военной службе» от 28.03.1998 N 53-ФЗ, ограниченно или негодные к службе, судимые, дети умерших военнослужащих и т. д.