Здравствуйте Алена
Для решения вашего вопроса есть два пути — первый это внести в соглашение изменений теми же лицами, кто подписал основное соглашение. Для чего в Росреестр вы можете дополнительное соглашение к соглашению. Второй путь это обращение в суд в порядке особого производства о признании факта принадлежности соглашения к первичному документу, на основании которого было составлено соглашение.
п.5 ч.1 ст. 264 ГПК РФ: Суд устанавливает факты, от которых зависит возникновение, изменение, прекращение личных или имущественных прав граждан, организаций путем установления факта принадлежности правоустанавливающих документов.
Это в том случае, если есть разночтения с иным документом, например, свидетельством о праве на наследству или решением суда.