Как можно взыскать неустойку после подписания акта приема-передачи?

В соответствии с правилами Гражданского процессуального кодекса РФ:

Статья 209. Вступление в законную силу решений суда
 
1. Решения суда вступают в законную силу по истечении срока на апелляционное обжалование, если они не были обжалованы.
В случае подачи апелляционной жалобы решение суда вступает в законную силу после рассмотрения судом этой жалобы, если обжалуемое решение суда не отменено. Если определением суда апелляционной инстанции отменено или изменено решение суда первой инстанции и принято новое решение, оно вступает в законную силу немедленно.
(часть 1 в ред. Федерального закона от 09.12.2010 N 353-ФЗ)
2. После вступления в законную силу решения суда стороны, другие лица, участвующие в деле, их правопреемники не могут вновь заявлять в суде те же исковые требования, на том же основании, а также оспаривать в другом гражданском процессе установленные судом факты и правоотношения.
...

В вашем случае — подписанный акт в части его противоречия судебному решению является ничтожным (не порождает правовых последствий), за исключением случая если в самом акте стороны прописали что согласились исполнить такое-то судебное решение таким-то образом добровольно..