Добрый день, Ольга
Если речь идет о контрактах, заключенных до присоединения к Положения, однозначно можно и нужно оплачивать. Тоже самое, если закупка производилась из смешанных источников финансирования, поскольку она проводится по 44-фз
В части проведения закупок за счет средств от иной приносящей доход деятельности после присоединения к Положению по 44-фз, то ст. 15 ФЗ № 44-фз устанавливает
2. При наличии правового акта, принятого бюджетным учреждением в соответствии со статьей 2 Федерального закона от 18 июля 2011 года N 223-ФЗ «О закупках товаров, работ, услуг отдельными видами юридических лиц» и размещенного до начала года в единой информационной системе, данное учреждение вправе осуществлять в соответствующем году с соблюдением требований указанных Федерального закона и правового акта закупки.
Те. законодательно нет запрета продолжать закупать по 44-фз при наличии положения по 223-фз. Однако во избежание возможных претензий КО и учредителя в части несоблюдения Вами порядка закупок, порекомендую все-таки закупки из средств от иной приносящей доход деятельности производить согласно Положения.