Здравствуйте, нет, компания Б не может быть соучредителем филиала компании А.
Самый простой вариант ведения совместной деятельности это оказание услуг друг другу, например компания Б предоставляет компании А персонал по договору аутстаффинга, либо компания А производит продукцию и продает ее компании Б для дальнейшей реализации. Вариантов несколько, зависит от того, как именно компания Б будет участвовать в совместной деятельности.
Есть еще такое понятие как договор простого товарищества в ГК РФ:
Статья 1041. Договор простого товарищества
1. По договору простого товарищества (договору о совместной деятельности) двое или несколько лиц (товарищей) обязуются соединить свои вклады и совместно действовать без образования юридического лица для извлечения прибыли или достижения иной не противоречащей закону цели.
2. Сторонами договора простого товарищества, заключаемого для осуществления предпринимательской деятельности, могут быть только индивидуальные предприниматели и (или) коммерческие организации.
3. Особенности договора простого товарищества, заключаемого для осуществления совместной инвестиционной деятельности (инвестиционного товарищества), устанавливаются Федеральным законом «Об инвестиционном товариществе».
но на практике я ни разу не встречал, чтобы кто то пользовался таким инструментом.