Имеют ли право взимать штраф, если фактически нарушения не было?

Сергей! Ваше право бороться! Обжалуйте действия налоговой.

В соответствии с подп. 4 п. 1 ч. 1 ст. 23 НК РФ налогоплательщики обязаны представлять в установленном порядке в налоговый орган по месту учета налоговые декларации (расчеты), если такая обязанность предусмотрена законодательством о налогах и сборах..

Согласно пункту 3 статьи 346.32 НК РФ налоговые декларации по итогам налогового периода представляются налогоплательщиками в налоговые органы не позднее 20-го числа первого месяца следующего налогового периода. В соответствии со ст.346.30 НК РФ налоговым периодом по единому налогу признается квартал.

Согласно ст. 45 НК РФ налогоплательщик обязан самостоятельно исполнить обязанность по уплате налога, если иное не предусмотрено законодательством о налогах и сборах. Неисполнение или ненадлежащее исполнение обязанности по уплате налога является основанием для направления налоговым органом налогоплательщику требования об уплате налога.

Из вопроса не видно направлялось ли налоговым органом требование об уплате налога пс предложением в определенный срок добровольно уплатить общую сумму задолженности. 

Исходя из положений ст. 286 КАС РФ, административное исковое заявление о взыскании обязательных платежей и санкций может быть подано в суд в течение шести месяцев со дня истечения срока исполнения требования об уплате обязательных платежей и санкций. 

Удачи в обжаловании