Добрый день!
Для ответа необходимо четко представлять ситуацию. Например, почему планируется увольнение именно по сокращению штата? Если работник систематически опаздывает, что подтверждено документально, тем более зафиксирован факт нахождения на работе в нетрезвом состоянии, логичнее в установленном Трудовым кодексом РФ порядке применение одного взыскания (например, выговор), а вместо второго — увольнение. Тогда никаких выплат. Есть и другие варианты.
Что касается указанных Вами штрафов, в большинстве случаев подобная практика не основана на законе.Также следует отметить, что решением работодателя невозможно изменить порядок, установленный законодательством, в том числе невозможно и уменьшить (не выплачивать) выходное пособие при увольнении по сокращению.