Нужно ли оплачивать штраф за просрочку оплаты кредита, если она возникла не по нашей вине?

посмотрите внимательно Ваш договор возможно там прописано с какого момента платеж считается исполненным — с момента его поступления на расчетный счёт банка, либо с момента внесения денежных средств потребителем. Вообще по идее должно действовать с момента внесения денежных средств, на это есть разъяснения в законодательстве о защите прав потребителей:

ПЛЕНУМ ВЕРХОВНОГО СУДА РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
ПОСТАНОВЛЕНИЕ

от 28 июня 2012 г. N 17

О РАССМОТРЕНИИ СУДАМИ ГРАЖДАНСКИХ ДЕЛ

ПО СПОРАМ О ЗАЩИТЕ ПРАВ ПОТРЕБИТЕЛЕЙ

49. Следует иметь в виду, что обязанность потребителя по оплате оказанных ему услуг (товаров) считается исполненной с момента передачи им денежной суммы банку, кредитной организации, платежному агенту, банковскому платежному агенту (субагенту) или иной организации, оказывающей в соответствии с действующим законодательством Российской Федерации платежные услуги населению, в том числе с использованием электронных денежных средств.