Какой порядок взыскания средств с застройщика в рамках уголовного дела?

Да, можете даже в рамках уголовного дела.

«Уголовно-процессуальный кодекс Российской Федерации» от 18.12.2001 N 174-ФЗ (ред. от 19.02.2018)Статья 44. Гражданский истец
 

1. Гражданским истцом является физическое или юридическое лицо, предъявившее требование о возмещении имущественного вреда, при наличии оснований полагать, что данный вред причинен ему непосредственно преступлением. Решение о признании гражданским истцом оформляется определением суда или постановлением судьи, следователя, дознавателя. 

Здравствуйте, Наталья!

Вы пишете:

На генерального директора строительной фирмы возбуждено уголовное дело. Я являюсь потерпевшей стороной. Вопрос: могу я взыскать с ген. директора как с физического лица средства, которые были мной вложены в ЖСК?

Чтобы ответить Вам определённо, надо знать материалы уголовного дела, в связи с чем Вы признаны потерпевшей, в чём выражен причинённый Вам материальный ущерб, каков его размер. Тем, не менее, существует общее требование, которое даёт право потерпевшему требовать с подсудимого причиненный ему материальный ущерб и компенсацию морального вреда, а также судебные расходы (если они будут). Вам на месте нужно обратиться к адвокату, который сможет изучить материалы уголовного дела и составить от Вашего имени исковое заявление в рамках этого дела, чтобы одновременно с вынесением приговора взыскании и причиненные Вам убытки.   Взыскание убытков возможно и после вынесения приговора и вступления его в законную силу.