Нужно ли предоставлять паспорт при регистрации ООО в налоговой?

Валерия, доброго времени суток. Вы правы, в соответствии с указанным вами ФЗ, вы предоставляете следующий перечень документов:

Заявление о государственной регистрации юридического лица при создании (форма № Р11001);
решение о создании, оформленное решением единственного учредителя или протоколом общего собрания учредителей;
учредительные документы юридического лица. Представляется в двух подлинных экземплярах в случае представления лично или по почте и в одном экземпляре – при направлении в электронном виде;
квитанция об уплате государственной пошлины в размере 4000 руб.;
документ, подтверждающий статус учредителя, если им выступает иностранное юридическое лицо.

Паспорт вы обязаны просто предъявить при сдаче всего пакета документов. 

Валерий, здравствуйте.

Паспорт гражданина РФ — основной документ, удостоверяющий личность гражданина на территории РФ. 

Представление документов в регистрирующий орган непосредственно или через многофункциональный центр может быть осуществлено заявителем либо его представителем, действующим на основании нотариально удостоверенной доверенности, с приложением такой доверенности или ее копии, верность которой засвидетельствована нотариально, к представляемым документам. 

Таким образом, сотрудник регистрирующего органа на основании паспорта или доверенности идентифицирует заявителя.