Здравствуйте, Яна!
Трудовой договор с руководителем организации может быть прекращен по общим основаниям, перечисленным в ч. 1 ст. 77 ТК РФ, а также согласно ч. 2 ст. 77 ТК РФ по другим основаниям, предусмотренным Трудовым кодексом РФ и иными федеральными законами. В частности, дополнительные основания для прекращения трудового договора с руководителем организации определены в ст. 278 ТК РФ, применяемой с учетом ст. 273 ТК РФ. Согласно п. 2 ч. 2 ст. 278 ТК РФ иные основания прекращения трудового договора с руководителем организации могут быть предусмотрены трудовым договором.
Руководитель организации вправе досрочно расторгнуть трудовой договор, предупредив об этом работодателя (собственника имущества организации, его представителя) в письменной форме не позднее чем за один месяц (ст. 280 ТК РФ).
Таким образом, в Вашем случае ничего не мешает направить учредителю соответствующее уведомление (заявление) о расторжении трудового договора.
Штрафы за отчетность, которая не сдавалась, будут наложены на руководителя ООО.