Как идет исчисление срока отбытия наказания во время пребывания в следственном изоляторе?

Засчитывают день за день.

Статья 72 УК РФ . Исчисление сроков наказаний и зачет наказания

3. Время содержания лица под стражей до судебного разбирательства засчитывается в сроки лишения свободы, принудительных работ, содержания в дисциплинарной воинской части и ареста из расчета один день за один день, ограничения свободы — один день за два дня, исправительных работ и ограничения по военной службе — один день за три дня, а в срок обязательных работ — из расчета один день содержания под стражей за восемь часов обязательных работ.

4. Время содержания лица под стражей до вступления приговора суда в законную силу и время отбытия лишения свободы, назначенного приговором суда за преступление, совершенное вне пределов Российской Федерации, в случае выдачи лица на основании статьи 13 настоящего Кодекса засчитываются из расчета один день за один день.