Здравствуйте, Андрей.
В качестве доказательств Ваших договорных отношений должны быть приняты имеющиеся у Вас документы и не должны привлечь Вас к ответственности.
Если у Вас имеется выставленный Вами счет и оплата по Договору, это будет доказательством.
Обратите внимание на судебную практику
Как неоднократно указывалось Конституционным Судом Российской Федерации, при рассмотрении налоговых споров суды должны исследовать все фактические обстоятельства дела, а не только формальные условия применения правовой нормы. В случае сомнений в правильности применения налогового законодательства арбитражные суды обязаны установить, исследовать и оценить всю совокупность имеющих значение для правильного разрешения дела юридически значимых обстоятельств, наличие иных документов, подтверждающих хозяйственные операции (Постановления от 28.10.1999 N 14-П, от 14.07.2003 N 12-П, Определения от 15.02.2005 N 93-О, от 28.05.2009 N 865-О-О, от 19.03.2009 N 571-О-О).
ГАРАНТ.РУ: http://www.garant.ru/products/ipo/prime/doc/54835044/#ixzz5A9ykJyR3
С уважением! Г.А. Кураев
нет связи с ними
Так договор и акт ведь составлялись Вашей фирмой, сначала оформите утрату документов, затем составьте их дубликаты, это можно сделать и без участия второй стороны.