Как быть, если транспортный налог пришел из двух городов?

я прописан в г. Тюмень а машина поставлен на учет в Омске а транспортный налог пришел из обоих городов! это вообще законно?

Это не законно. скорее всего это ошибка налогового органа. Согласно ст. 363 Налогового кодекса, 

Уплата транспортного налога и авансовых платежей по налогу производится налогоплательщиками в бюджет по месту нахождения транспортных средств. 

Для транспортных средств,  местом нахождения транспортного средства является место жительства (место пребывания) физического лица, по которым в соответствии с законодательством Российской Федерации зарегистрировано транспортное средство.

Органы МВД должны  пересылать данные о зарегистрированных транспортных средствах в налоговую инспекцию по месту прописки собственника, которое указано в паспорте.

Оплатите налог по месту своей регистрации, копию платежного документа отправьте на всякий случай в Налоговую Омска. 

В настоящее время все это можно сделать из личного кабинета налогоплательщика, где задолженность должна указываться за один автомобиль, а после ее оплаты, долг по транспортного налогу просто не должен числиться за Вами.Там же можно вступить в переписку с налоговыми органами. Для регистрации в кабинете налогоплательщика обратитесь в налоговую инспекцию по месту своей регистрации с паспортом, за получением пароля.