Добрый вечер.
Направить средства материнского капитала можно только на жилое помещение, соответствующее требованиям законодательства, предъявляемым к жилым помещениям. т.е. если дом уже признан аварийным в установленном законом порядке, то Пенсионный фонд откажет Вам в направлении средств материнского капитала на оплату по договору купли-продажи квартиры, находящейся в аварийном состоянии.
Если же по внешним признакам и по документам на момент вынесения решения ПФР дом не является аварийным, Пенсионный фонд перечислит средства материнского капитала продавцу недвижимости. Вы погасите запись об ипотеке. Дом уже после признают аварийным. Земля перейдет муниципалитету, вам предложат возмещение стоимости квартиры (или переселение)