Сергей, здравствуйте!
Из того, что Вы сказали очень мало информации+ нужно смотреть Ваш договор.
1. Договор заключен между юридическими лицами или ип и юр. лицом?
2. Договор заключен с Вами как физ. лицом и юр. лицом?
Если в договоре указано о надлежащем уведомлении через электронную почту, то проблем возникнуть не должно с соблюдением претензионного порядка.
Вам нужно заверить переписку у нотариуса.
Кроме того, необходимо смотреть договор, указан ли там срок рассмотрения претензии, так как по общему правилу срок рассмотрения претензии 30 дней (п.5 ст.4 АПК РФ) в случае заключения договора по п.1, если по п.2, то нужно отсчитывать срок ответа на претензии с учетом работы почты около 7-15 дней.
После соблюдения претензионного порядка и его срока можно подавать иск.
Если у Вас есть доп. вопросы, задавайте, обсудим подробнее.