Добрый день, Алексей
если речь идет о закупке по 44-фз, то
44-фз прямо не указывает как распределить цену контракта в спецификации.
Существует письмо Министерства экономического развития РФ от 26 июля 2016 г. № Д28и-1998 “О разъяснении положений Федерального закона от 5 апреля 2013 г. № 44-ФЗ «О контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг для обеспечения государственных и муниципальных нужд», которое рекомендует заказчику
«После определения победителя процедуры закупки заказчик рассчитывает коэффициент снижения начальной (максимальной) цены контракта к цене контракта, предложенной победителем в ходе проведения процедуры закупки. Итоговая цена контракта пересчитывается с учетом указанного коэффициента. В случае, если контрактом предусмотрено поставка нескольких позиций товара, этапов его исполнения, то итоговая стоимость каждой позиции, каждого из этапов должна быть пересчитана с применением указанного коэффициента, то есть итоговая стоимость каждой позиции, каждого из этапов выполнения работ рассчитывается пропорционально коэффициенту снижения начальной (максимальной) цены контракта, полученного в ходе проведения процедуры закупки.»
поскольку формально по 44-фз проект контракта в полном объеме готовит заказчик Вы можете направить победителю контракт с собственным расчетом.
На будущее во избежание споров можно включить в документацию условие о применении «понижающего коэффициента» за единицу каждого товара пропорционально снижению начальной (максимальной) цены, предложенной участником закупки.