Может ли супруга служить в подчинении мужа?

Если Вы оба на государственной службе, то такое подчинение было бы нарушением, в отделе кадров знают о Вашем родстве?

Федеральный закон от 27.07.2004 N 79-ФЗ (ред. от 31.12.2014) «О государственной гражданской службе Российской Федерации» (27 июля 2004 г.)

Статья 16. Ограничения, связанные с гражданской службой

1.Гражданин не может быть принят на гражданскую службу, а гражданский 
служащий не может находится на гражданской службе в случае:
5)близкого родства или свойства (родители, супруги, дети, братья, сестры,
а также братья, сестры, родители, дети супругов и супруги детей) с 
гражданским служащим, если замещение должности гражданской службы 
связано с непосредственной подчиненностью или подконтрольностью одного 
из них другому;