Должен ли работодатель оплатить учебный отпуск при заочном обучении в магистратуре?

Здравствуйте, Ильдар! Гарантии, предусмотренные трудовым кодексом, в данном случае относятся к варианту, когда высшее образование получается впервые:

Статья 177. Порядок предоставления гарантий и компенсаций работникам, совмещающим работу с получением образования

 

Гарантии и компенсации работникам, совмещающим работу с получением образования, предоставляются при получении образования соответствующего уровня впервые. Указанные гарантии и компенсации также могут предоставляться работникам, уже имеющим профессиональное образование соответствующего уровня и направленным для получения образования работодателем в соответствии с трудовым договором или ученическим договором, заключенным между работником и работодателем в письменной форме.

Поскольку Вы уже имеете диплом специалиста, то обучение в магистратуре будет считаться получением второго высшего образования. Работодатель в данном случае прав. Вопрос нужно решать путем внесения изменений в трудовой договор по соглашению с работодателем.

Гарантии и компенсации работникам, совмещающим работу с получением образования, предоставляются при получении образования соответствующего уровня впервые.

В соответствии с пунктом 5 статьи 10 Федерального закона от 29.12.2012 № 273-ФЗ «Об образовании в Российской Федерации» в Российской Федерации устанавливаются следующие уровни профессионального образования: 1) среднее профессиональное образование; 2) высшее образование — бакалавриат; 3) высшее образование — специалитет, магистратура; 4) высшее образование — подготовка кадров высшей квалификации.
Уровни образования введены законодателем недавно, поэтому если в первом Дипломе о высшем образовании указано, что Вы являетесь специалистом, то это приравнивается к бакалавриату.
Следовательно, Вы имеете право на дополнительные отпуска с сохранением среднего заработка.