Здравствуйте, Сергей!
Если в документации о закупках было установлено такое требование к участнику, как отсутствие в реестре недобросовестных поставщиков, то тогда заказчики могут отказаться от подписания контракта.
Федеральный закон от 05.04.2013 N 44-ФЗ
(ред. от 29.07.2017)
«О контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг для обеспечения государственных и муниципальных нужд»
Статья 31. Требования к участникам закупки
1.1. Заказчик вправе установить требование об отсутствии в предусмотренном настоящим Федеральным законом реестре недобросовестных поставщиков (подрядчиков, исполнителей) информации об участнике закупки, в том числе информации об учредителях, о членах коллегиального исполнительного органа, лице, исполняющем функции единоличного исполнительного органа участника закупки — юридического лица.
Это подтверждает и Минфин.
Вопрос: Об отказе от заключения контракта с лицом, сведения о котором содержатся в реестре недобросовестных поставщиков.
(Письмо Минфина России от 26.09.2017 N 24-05-09/62505)
На основании изложенного, по мнению Минфина России, если участником закупки является юридическое лицо и сведения об учредителях, членах коллегиального исполнительного органа, лицах, исполняющих функции единоличного исполнительного органа участника закупки, содержатся в Реестре, то комиссия заказчика отклоняет заявку такого юридического лица в случае, если в документации о закупке установлено требование в соответствии с частью 1.1 статьи 31 Закона о контрактной системе.
Если же такого условия в информации о госзакупках не было, то отказать в заключении контракта не могут.
Так что проверяйте документацию по всем контрактам.
На момент подачи заявок компания была добросовестной)
Это в общем-то не важно. На любой стадии могут отказать.