Здравствуйте!
Некоммерческие организации являются юридическими лицами (ст. 50 ГК РФ) и как субъект права вправе заключать трудовые договоры, договоры гражданско-правового характера, соответствующие целям и видам деятельности организации и не противоречащие законодательству, в частности, договор возмездного оказания услуг.
В данном случае НКО будет являться налоговым агентом, т.е. несет ответственность за правильность исчисления и своевременность перечисления налога. Они обязаны удержать начисленную сумму налога непосредственно из доходов налогоплательщиков при их фактической выплате. Чем больше сумма выплаты, тем больше сумма исчисляемого налога.
Согласно пункту 1 статьи 781 ГК РФ, заказчик обязан оплатить оказанные ему услуги в сроки и в порядке, которые указаны в договоре возмездного оказания услуг.