Куда подавать исполнительный лист, если магазин не числится филиалом основного юр лица?

Здравствуйте! Согласно ст.33 Закона РФ «Об исполнительном производстве»

Если должником является организация, то исполнительные действия совершаются и меры принудительного исполнения применяются по ее юридическому адресу, местонахождению ее имущества или по юридическому адресу ее представительства или филиала.

Местонахождение имущества еще доказать надо. Филиалов как Вы сами говорите по выписке нет. Остается юридический адрес, туда и нужно направлять — в Москву. 

Впрочем Вы можете уточнить в налоговой наличие счетов должника. И в порядке ст.8 Закона РФ «Об исполнительном производстве» принести и сдать в банк в котором у должника есть счет, Ваш Исполнительный лист.

1. Исполнительный документ о взыскании денежных средств или об их аресте может быть направлен в банк или иную кредитную организацию непосредственно взыскателем.
2. Одновременно с исполнительным документом взыскатель представляет в банк или иную кредитную организацию заявление, в котором указываются:
1) реквизиты банковского счета взыскателя, на который следует перечислить взысканные денежные средства;
2) фамилия, имя, отчество, гражданство, реквизиты документа, удостоверяющего личность, место жительства или место пребывания, идентификационный номер налогоплательщика (при его наличии), данные миграционной карты и документа, подтверждающего право на пребывание (проживание) в Российской Федерации взыскателя-гражданина;
3) наименование, идентификационный номер налогоплательщика или код иностранной организации, государственный регистрационный номер, место государственной регистрации и юридический адрес взыскателя — юридического лица.