Какой долг я обязан оплатить, если был заключен договор аренды земли под гараж?

Здравствуйте Андрей,

Да можете. В соответствии со ст. 196 ГК РФ:

Общий срок исковой давности составляет три года

Вместе с тем, если просто оплатить пени за 3 года, есть риск что арендодатель зачтет данную сумму в счет пеней до исковой давности. В такой ситуации доказать свою правоту будет сложно. В соответствии со ст. 199 ГК РФ:

2. Исковая давность применяется судом только по заявлению стороны в споре, сделанному до вынесения судом решения.
Истечение срока исковой давности, о применении которой заявлено стороной в споре, является основанием к вынесению судом решения об отказе в иске.
3. Односторонние действия, направленные на осуществление права (зачет, безакцептное списание денежных средств, обращение взыскания на заложенное имущество во внесудебном порядке и т.п.), срок исковой давности для защиты которого истек, не допускаются.

Срок исковой давности по долгам — это период, за который кредитор  может взыскать с должника задолженность через суд.
В силу ст. 196 ГК РФ общий срок исковой давности составляет три года со дня, определяемого в соответствии со статьей 200   ГК РФ. После его истечения, в случае отсутствия уважительных причин для восстановления кредитору утраченного срока, кредитор вряд ли смжет восстановить свои права — вернуть долг через суд.
О пропуске срока исковой давности можно заявить стороной в суде до  вынесения судом решения  по существу спора,  иначе   норма ст. 196 ГК РФ не может быть  применена. Истечение срока исковой давности, о применении которой заявлено стороной в споре, является основанием к вынесению судом решения об отказе в части иска.
В Вашем случае нужно дождаться обращения заявителя в суд, либо заключить с ним соглашение об уменьшении суммы задолженности и пеней. 
Если у Вас остались вопросы, Вы можете обратиться к нашим юристам.