Как мне быть и какие действия предпринимать в дальнейшем?

Валерий, добрый вечер! Внимательно изучив Ваш вопрос, могу пояснить следующее.
В соответствии со статьей 51 Федерального закона от 28.03.1998 N 53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе» военнослужащий подлежит увольнению с военной службы в связи с утратой доверия к военнослужащему со стороны должностного лица, имеющего право принимать решение о его увольнении, в случае осуществления военнослужащим предпринимательской деятельности.
Гражданским кодексом РФ определено, что предпринимательской является самостоятельная, осуществляемая на свой риск деятельность, направленная на систематическое получение прибыли от пользования имуществом, продажи товаров, выполнения работ или оказания услуг лицами, зарегистрированными в этом качестве в установленном законом порядке.
О наличии в действиях гражданина признаков предпринимательской деятельности свидетельствуют, в частности, следующие факты:
– изготовление или приобретение имущества с целью последующего извлечения прибыли от его использования или реализации;
– учет хозяйственных операций, связанных с осуществлением сделок;
– взаимосвязанность всех сделок, совершенных гражданином в определенный период времени;
– устойчивые связи с продавцами, покупателями, прочими контрагентами.
В Федеральном законе от 28.03.1998 N 53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе» не указано, что сам факт регистрации в качестве индивидуального предпринимателя является основанием для увольнения. Указано на осуществление военнослужащим предпринимательской деятельности, то есть на систематическое получение прибыли.
По этой причине от Вас требуют указанные документы.

Раз Вы ИП и преследуете цель увольнения, выдайте справку о доходах самому себе.