Можно ли привлечь работодателя к ответственности, если в кабине трактора нашли труп машиниста?

Здравствуйте, Любовь.

Может ли комиссия квалифицировать действие умершего как уголовно наказуемое?

любовь

если речь идет о комиссии, созданной для расследования несчастного случая на производстве, то у комиссии нет таких полномочий. Квалификацией правонарушений как уголовных занимаются соответствующие органы дознания и следствия.

Комиссия может только квалифицировать несчастный случай как связанный или не связанный с производством.

Расследуются в установленном порядке и по решению комиссии (в предусмотренных настоящим Кодексом случаях государственного инспектора труда, самостоятельно проводившего расследование несчастного случая) в зависимости от конкретных обстоятельств могут квалифицироваться как несчастные случаи, не связанные с производством:
смерть вследствие общего заболевания или самоубийства, подтвержденная в установленном порядке соответственно медицинской организацией, органами следствия или судом;смерть или повреждение здоровья, единственной причиной которых явилось по заключению медицинской организации алкогольное, наркотическое или иное токсическое опьянение (отравление) пострадавшего, не связанное с нарушениями технологического процесса, в котором используются технические спирты, ароматические, наркотические и иные токсические вещества;
несчастный случай, происшедший при совершении пострадавшим действий (бездействия), квалифицированных правоохранительными органами  как уголовно наказуемое деяние.
ст. 229.2, «Трудовой кодекс Российской Федерации» от 30.12.2001 N 197-ФЗ (ред. от 29.07.2017) {КонсультантПлюс}

Изучите ст.ст. 227-231 ТК РФ — копировать их полностью тут не вижу смысла.