Каковы последствия явки в военкомат на несколько дней позже?

Ответственность за неявку на призыв установлена Кодексом Российской Федерации об административных правонарушениях.

То, что Вы называете опозданием, квалифициhetncz Кодексом, как неявка. 

Статья 21.5. Неисполнение гражданами обязанностей по воинскому учету

Неявка гражданина, состоящего или обязанного состоять на воинском учете, по вызову (повестке) военного комиссариата или иного органа, осуществляющего воинский учет, в установленные время и место без уважительной причины, неявка в установленный срок в военный комиссариат для постановки на воинский учет, снятия с воинского учета и внесения изменений в документы воинского учета при переезде на новое место жительства, расположенное за пределами территории муниципального образования, место пребывания на срок более трех месяцев либо выезде из Российской Федерации на срок более шести месяцев или въезде в Российскую Федерацию, а равно несообщение в установленный срок в военный комиссариат или в иной орган, осуществляющий воинский учет, об изменении семейного положения, образования, места работы или должности, о переезде на новое место жительства, расположенное в пределах территории муниципального образования, или место пребывания — (в ред. Федерального закона от 09.03.2010 N 27-ФЗ)

влечет предупреждение или наложение административного штрафа в размере от ста до пятисот рублей.
(в ред. Федерального закона от 22.06.2007 N 116-ФЗ)

 
Статья 21.6. Уклонение от медицинского обследования

 Уклонение гражданина от медицинского освидетельствования либо обследования по направлению комиссии по постановке граждан на воинский учет или от медицинского обследования по направлению призывной комиссии — влечет предупреждение или наложение административного штрафа в размере от ста до пятисот рублей.
(в ред. Федерального закона от 22.06.2007 N 116-ФЗ)

Вас могут и не привлечь к ответственности, если Вы обоснуете свое опоздание на призыв.