Кто подает заявление в полицию, если в филиале обнаружена недостача?

Добрый день, Оксана!

Руководитель филиала имеет право обратиться в полицию, если соответствующие полномочия установлены в его доверенности.

ст. 55 ГК РФ 
1. Представительством является обособленное подразделение юридического лица, расположенное вне места его нахождения, которое представляет интересы юридического лица и осуществляет их защиту.
 2Филиалом является обособленное подразделение юридического лица, расположенное вне места его нахождения и осуществляющее все его функции или их часть, в том числе функции представительства.
3. Представительства и филиалы не являются юридическими лицами. Они наделяются имуществом создавшим их юридическим лицом и действуют на основании утвержденных им положений.
Руководители представительств и филиалов назначаются юридическим лицом и действуют на основании его доверенности.
Представительства и филиалы должны быть указаны в едином государственном реестре юридических лиц.

Кто угодно, потом уже по полномочиям.