Так как технологически второй этаж является всегда частью здания (он же не висит в воздухе), то ввести его в строй отдельно не получится. Если строительство второго этажа осуществлялось в рамках реконструкции, то ввод осуществляется всего реконструированного здания.
Аналогично, если разрешение выдавалось на строительство всего здания, то и ввод в эксплуатацию возможен только для всего здания. Параметры объекта, который разрешали строить, должны совпадать с параметрами вводимого объекта.
В противном случае ввод невозможен.
Поэтому вводите все здание (количество собственников при этом не ограничено, оно может меняться).