В соответствии со ст.129 ТК РФ надбавки и доплаты могут носить как компенсационный, так и стимулирующий характер и входят в структуру оплаты труда. При этом они не имеют отношения ни к тарифной ставке, ни к окладу. При этом виды доплат и надбавок трудовое законодательство не ограничивает.
Обычно в российской практике, в том случае, если сотруднику производится дополнительная выплата за его знания или профессиональное мастерство, то такую выплату именуют надбавкой (например, надбавка за знание иностранного языка, за опыт работы по специальности и тому подобное). Если же предполагается выполнение дополнительной работы или труд в условиях, отклоняющихся от нормальных, то сотруднику выплачивается доплата. (к примеру, доплата: за совмещение профессий или должностей; за сверхурочную работу; за работу в ночное время; за работу во вредных условиях труда).
Таким образом, во-первых Вам необходимо определиться — к какому именно типу выплат относятся Ваши надбавки (компенсационному или стимулирующему). Это необходимо для того чтобы как минимум Вы могли точно формализовать критерии начисления этой надбавки/доплаты.
Все это необходимо грамотно описать в локальном нормативном акте — положении об оплате труда. В трудовом договоре обязательно надо перечислить те доплаты и надбавки, которые производятся конкретному работнику (частью 2 ст.57 ТК РФ), и сделать ссылку на локальный акт организации – Положение об оплате труда. С Положением об оплате труда (новой редакцией положения) всех работников надо ознакомить под подпись.
При этом конкретные размеры доплат и надбавок, а также порядок и условия их выплаты непосредственно ни в трудовом договоре, ни в штатном расписании можно не указывать.